Какой-то смысл вызывало лишь то, что весь этот эксперимент проводился при максимально строгом секрете. События происходили на планете Мадригал в 2552 году. Эта планета была известна своими запасами тяжелой воды четвертого уровня, которую активно добывали. Однако жители этой планеты столкнулись с нападениями со стороны колонизаторов, принадлежавших к Космическому командованию Организации Объединенных Наций. Ситуацию осложняло еще и то, что весь этот процесс проходил под большой тайной. Жители планеты не были готовы продолжать терпеть происходящее и решили повстать против своих поработителей. Но неожиданно на их планету напали войска Ковенанта - военный союз инопланетных рас. Армия объединения представляла собой огромных пришельцев в доспехах, вооруженных передовым оружием. Жители планеты оказались беззащитными перед катастрофической атакой, ставшей для них смертельной угрозой. Но неожиданно для них пришла подмога. Солдаты со сверхъестественными способностями вступили в бой за спасение планеты. Они были известны как "Спартанцы" и отметились невероятной силой и мощью в противостоянии врагам. Благодаря им, инопланетные захватчики получили жестокий ответ на свою агрессию. Только бои и взрывы, которые разразились на планете, привели к печальному исходу для множества невинных существ. Среди немногих выживших находилась дочь Квана, местного военачальника. Задача по доставке ее обратно в крепость легла на Джона-117, который возглавлял отряд спартанцев. В прошлом Джон был жестоким и бесстрастным воином, который не позволял себе проявлять эмоции, а также славился своим строгим кодексом. Он также охранял древнюю реликвию, за которой охотились члены Ковенанта. Каждый раз, когда спартанец касался ее, он вновь возвращался мыслями к тем временам, когда был всего лишь обычным человеком, лишенным могущества и силы, которые получил позже, ставши превращаться в беспощадную машину смерти. Совместно с Квен он будет вынужден путешествовать обратно к своей истинной сущности, вернув ту человечность, что была ранее.