История развернулась на Мадригале в 2552 году. Эта планета стала известной благодаря добыче тяжелой воды четвертого уровня. Местные жители постоянно подвергались атакам со стороны Космического командования Организации Объединенных Наций, которое стремилось к колонизации планеты. Жители планеты не желали больше терпеть происходящее и планировали сопротивление против порабощения. Но затем на планету нашел армия Ковенанта. Сама по себе Ковенант была военным союзом различных инопланетных рас. Армия этого объединения представляла собой огромных пришельцев в доспехах, вооруженных современным оружием. Человеческий мир не смог противостоять огромной атаке и остался на грани уничтожения. Однако в самый критический момент пришла неожиданная помощь. Солдаты со сверхспособностями, называемые «Спартанцами», стали спасителями для жителей планеты. Благодаря их силе и бесстрашию инопланетяне получили серьезный отпор. Только бой и кровопролитие разыгрывались на планете и теперь множество невинных существ погибло. Среди единственных выживших попалась дочь местного командира Квана. Задача вернуть эту особу в защищенную крепость, была возложена на Джона-117, который руководил спартанским отрядом. Джон был бесстрашным воином суровой натуры, не склонным к проявлениям чувств, и строго следовал своему кодексу. Кроме того, он сохранял священный предмет, за который охотились члены Ковенанта. Прикосновение к нему заставляло спартанца вспоминать о прошлом, когда он был обычным человеком без сверхспособностей, позже превративших его в машину для убийств. Вместе с Квен он должен будет отправиться в путешествие назад к своей настоящей личности, восстановив свое человеческое бытие.