Но вот небольшая научная миссия привела к неожиданным последствиям. В 2552 году на планете Мадригал произошли значительные события. Она стала известна тем, что на ее территории осуществлялась добыча ценной тяжелой воды уровня 4. Местные жители постоянно ощущали влияние колонизаторов - представителей Космического командования Организации Объединенных Наций, которые руководили эксплуатацией водных ресурсов. Однако благодаря небольшой научной миссии, произошло нечто неожиданное. Местные жители не собирались больше терпеть происходящее и решили поднять восстание против своих поработителей. Но увы, наша планета была атакована армией Ковенанта - военным союзом инопланетных рас. Эти пришельцы в доспехах и современным оружием выглядели огромными и неотразимыми. Население планеты не сумело устоять перед такой сильной атакой, и им нечего оставалось, кроме как погибнуть. Но внезапно, как то, что напало на них, так и пришла помощь. Солдаты с ошеломительными сверхспособностями стали спасителями для жителей планеты. Эти храбрые воины назывались "Спартанцами". Благодаря их бесстрашию, инопланетяне были отбиты с необычайной мощью. На планете происходили сражения и взрывы, которые привели к гибели множества невинных существ. Среди небольшого числа выживших находилась дочь военного командира Квана. Возвращение этой особы в крепость стало необходимой задачей для Джона-117, руководителя спартанского отдела. Джон был жестоким воином, не проявлявшим свои чувства и строго следовавшим своему кодексу. Он также сохранял реликвию, за которой охотились члены Ковенанта. Когда он прикасался к ней, спартанец чувствовал себя странно, вспоминая времена, когда был обычным человеком, а не беспощадной машиной для убийств. Вместе с Квеном ему предстоит отправиться в путешествие обратно к своей сущности, восстановив прежнее человеческое состояние.